Phylogenetic status and diet of red fox (Vulpes vulpes griffithii) inhabiting Ayubia National Park, Pakistan

Abstract The red fox (Vulpes vulpes) is a medium-sized carnivore that occurs in different regions of Pakistan, however, still lacks scientific data on its ecology and distribution. The current study investigated the phylogenetic status and diet of the red fox (V.v. griffithii) occurring in Ayubia National Park, Pakistan. Through camera trapping and molecular analysis, we confirmed the occurrence of red fox in the study area. Based on mitochondrial cytochrome B (304 bp) and limited sampling, nearly all red foxes of Ayubia National Park and surrounding Himalayan ranges fall within Holarctic maternal lineage, whereas red foxes found in plains of Pakistan are part of the basal Palearctic maternal lineage. Using 32 scats, we found that red fox diet comprises of 80% animal-based prey species (both wild and domestic) and 19% plant matter. The wild animal prey species included Cape hare (Lepus capensis) and flying squirrel (Pteromyini sp.), which constituted 17% and 15% of diet, respectively. Red foxes infrequently consumed House mouse (Mus musculus), Himalayan Palm civet (Paguma larvata) and sheep (Ovis aries), each comprising around 6% to 9% of red fox diet. The fox species also scavenged on domestic donkey opportunistically. Based on our sampling, our study suggests that the red fox (V.v. griffithii) that occurs in Ayubia National Park and across the lesser Himalayan ranges belongs to Holarctic maternal lineage. The study also highlights consumption of plant seeds by red foxes, indicating it may play an important ecological role in seed dispersal in Ayubia National Park.

Resumo A raposa-vermelha (Vulpes vulpes) é um carnívoro de médio porte que ocorre em diferentes regiões do Paquistão, porém ainda carece de dados científicos sobre sua ecologia e distribuição. O presente estudo investigou o status filogenético e a dieta da raposa-vermelha (V.v. griffithii) que ocorre no Parque Nacional de Ayubia, Paquistão. Por meio de armadilhas fotográficas e análises moleculares, confirmamos a ocorrência de raposa-vermelha na área de estudo. Com base no citocromo B mitocondrial (304 bp) e amostragem limitada, quase todas as raposas-vermelhas do Parque Nacional de Ayubia e áreas circundantes do Himalaia se enquadram na linhagem materna holártica, enquanto as raposas-vermelhas encontradas nas planícies do Paquistão fazem parte da linhagem materna basal paleártica. Usando 32 fezes, descobrimos que a dieta da raposa-vermelha compreende 80% de espécies de presas de origem animal (selvagens e domésticas) e 19% de matéria vegetal. As espécies de presas de animais selvagens incluíram a lebre-do-cabo (Lepus capensis) e o esquilo-voador (Pteromyini sp.), que constituíram 17% e 15% da dieta, respectivamente. As raposas-vermelhas consumiam raramente ratos domésticos (Mus musculus), algas do Himalaia (Paguma larvata) e ovelhas (Ovis aries), cada um compreendendo cerca de 6% a 9% da dieta da raposa-vermelha. A espécie de raposa também se alimentava de burros domésticos de forma oportunista. Com base em nossa amostragem, nosso estudo sugere que a raposa-vermelha (V.v. griffithii) que ocorre no Parque Nacional de Ayubia e nas cordilheiras menores do Himalaia pertence à linhagem materna holártica. O estudo também destaca o consumo de sementes de plantas por raposas-vermelhas, indicando que pode desempenhar um papel ecológico importante na dispersão de sementes no Parque Nacional de Ayubia.

A molecular and morphological study of Ascaris suum in a human-pig contact scenario in northeastern Brazil / Estudo molecular e morfológico de Ascaris suum em um cenário de contato entre suínos e humanos no nordeste brasileiro

The aim of the present study was to assess morphologic and genetic data on ascariasis in swine (Sus scrofa domesticus) and humans in low-resource rural and periurban communities in the state of Piauí, Brazil. Our cross-sectional survey included 100 fecal samples obtained from swine and 682 samples from humans. Fifteen pigs were necropsied. Human and porcine fecal samples were examined to identify Ascaris eggs. Parasites obtained in the swine necropsies were studied using scanning electron microscopy (SEM), and the mitochondrial gene encoding the cytochrome oxidase 1 (cox1) enzyme was partially amplified and sequenced for molecular taxonomy and phylogenetic analyses. The overall prevalence of Ascaris eggs in the swine fecal samples was 16/100 (16%). No Ascaris eggs were identified in the human fecal samples. SEM of six worms recovered from pigs demonstrated morphological characteristics of A. suum. Cox1 sequences were compatible with A. suum reference sequences. Original and reference (GenBank) nucleotide sequences were organized into clusters that did not segregate the parasites by host species or and region. The largest haplogroups were dominated by haplotypes H01, H02 and H31. In the communities studied, there was no epidemiological evidence of the zoonotic transmission of ascariasis at the human-swine interface.(AU)

O presente estudo teve como objetivo acessar dados morfológicos e genéticos sobre a ascaridíase em suínos (Sus scrofa domesticus) e humanos, em comunidades rurais e periurbanas no estado do Piauí. O estudo transversal incluiu 100 amostras fecais de suínos e 682 amostras obtidas de humanos. Quinze suínos foram necropsiados. Amostras fecais suínas e humanas foram examinadas para detecção de ovos de Ascaris. Os parasitas adultos, obtidos nas necropsias, foram estudados através de microscopia eletrônica de varredura (MEV), e o gene mitocondrial codificante da enzima citocromo oxidase 1 (cox1) foi parcialmente amplificado e sequenciado para análises filogenéticas e de taxonomia molecular. A prevalência de Ascaris em amostras fecais de suínos foi 16/100 (16%), não sendo identificado nenhum caso de infecção por este parasita em humanos. A análise por MEV de parasitas recuperados de suínos demonstrou características morfológicas de Ascaris suum. As sequências nucleotídicas de cox1 foram compatíveis com A. suum. As sequências originais e de referência (obtidas no GeneBank) foram organizadas em clusters que não segregaram os parasitas por hospedeiro ou região geográfica. Os maiores haplogrupos foram dominados pelos haplótipos H01, H02 e H31. Nas comunidades estudadas, não foi evidenciada transmissão zoonótica de A. suum na interface suíno-humana.(AU)

Current understanding of an Emerging Coronavirus usingin silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely SARS-CoV-2 is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the SARS-CoV-2 although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among SARS-CoV-2 and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that SARS-CoV-2 has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente SARS-CoV-2, foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o SARS-CoV-2, embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre SARS-CoV-2 e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que SARS-CoV-2 tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Floristic data to support conservation in the Amazonian canga / Dados florísticos para apoiar a conservação nas cangas amazônicas

Abstract Canga is an environment of great natural and economic value because it harbours a considerable number of endemic species on a substrate that is rich in iron ore. In the Amazon, this open vegetation type grows on top of isolated outcrops in a dense forest matrix found in the Carajás region, in southeastern Pará. Of these outcrops, the Parque Nacional dos Campos Ferruginosos (PNCF) is the only area of Amazonian canga with a strict protection status. Therefore, industrial activity in the region needs to implement mitigation actions to ensure species and habitat conservation. The objective of this study is to complement and review the floristic list of this recently created protected area, enabling us to compare the floristic similarity between it and other 14 Amazonian canga outcrops found outside the conservation units of full protection in the region. This data provides a basis to understand the floristic and phylogenetic complementarity of those patches to support conservation action. For this, six field trips were carried out in the Serra da Bocaina and two in the Serra do Tarzan, respectively, in order to increase the sampling efforts in PNCF and to obtain a more comprehensive plant list. Floristic composition was investigated using multivariate analyses (non-metric multidimensional scaling and unweighted pair group method with arithmetic mean) and phylogenetic structure across studied areas. We added 159 species to the floristic list of the PNCF and the results of the analyses showed that all 16 areas (n.b. PNCF comprises two of these sites) have an overall floristic similarity of 42%, with the least similar areas at 35% and the most similar at 50%. The different micro-habitats found in each study site highlight the high beta diversity of the Amazonian canga sites, making each area unique. Therefore, even if the Parque Nacional dos Campos Ferruginosos does not harbour all the species found in the other Amazonian canga sites, it is strategic for the conservation of the vegetation on ferruginous outcrops in the Amazon, protecting its biodiversity, different habitats, and associated ecosystem services.

Resumo Canga é um ambiente de grande valor natural e econômico por abrigar um número considerável de espécies endêmicas sobre substrato rico em minério de ferro. Na Amazônia, esse tipo de vegetação aberta cresce sobre afloramentos isolados em uma matriz de floresta densa encontrada na região de Carajás, no sudeste do Pará. Dentre esses afloramentos, o Parque Nacional dos Campos Ferruginosos (PNCF) é a única área de canga Amazônica que apresenta o status de proteção integral permanente. Dessa forma, a atividade industrial presente na região necessita implementar ações de mitigação para assegurar a conservação de espécies e habitats relacionados às cangas. O objetivo deste estudo é complementar e revisar a lista florística dessa área protegida, recentemente criada, permitindo comparar a sua similaridade florística com outros 14 afloramentos de cangas Amazônicas localizados fora de unidades de conservação de proteção integral encontradas na região. Tais dados fornecem subsídio para entender a complementaridade florística e filogenética desses fragmentos para apoiar ações de conservação. Para isso, foram realizadas seis viagens de coleta à Serra da Bocaina e à Serra do Tarzan, respectivamente, para aumentar o esforço amostral no PNCF e obter uma lista de plantas mais abrangente. A composição florística foi investigada por meio de análises multivariadas (non-metric multidimensional scaling and unweighted pair group method with arithmetic mean) e estrutura filogenética nas áreas estudadas. Nós adicionamos 159 espécies na lista florística do PNCF e os resultados das análises demonstraram que todas as 16 áreas (n.b. o PNCF compreende duas dessas áreas) têm uma similaridade florística total de 42%, com áreas menos similares de 35% e as mais similares de 50%. Os micro-habitats encontrados em cada área de estudo evidenciam a alta diversidade beta das áreas de cangas Amazônicas, o que as tornam únicas. Portanto, ainda que o Parque Nacional dos Campos Ferruginosos não abrigue todas as espécies encontradas em outras áreas de cangas Amazônicas, ele é estratégico para a conservação dos afloramentos ferruginosos na Amazônia, protegendo a sua biodiversidade, os diferentes habitats e os serviços ecossistêmicos associados.

Nextstrain: una herramienta que analiza la epidemiología molecular del SARS-CoV-2 / Nextstrain: a tool to analyze the molecular epidemiology of SARS-CoV-2

La preocupación mundial por el nuevo coronavirus (2019-nCoV), como una amenaza global para la salud pública, fue el motor para que los análisis filogenéticos sufrieran un crecimiento exponencial. El objetivo de esta revisión fue describir el modo de funcionamiento y las bondades de la herramienta Nextstrain, así como el secuenciamiento del virus SARS-CoV-2 en el mundo. Se uso la interfaz de la página de Nextstrain para mostrar sus funcionalidades y los modos de visualización de datos, y se descargaron estos de la web GISAID para mostrar la cantidad de secuenciamientos del SARS-CoV-2 hasta la fecha. Nextstrain es un proyecto de código abierto creado por biólogos bioinformáticos, para aprovechar el potencial científico y de salud pública de los datos de genomas de patógenos. Nextstrain consiste en un conjunto de herramientas que toman secuencias sin procesar (en formato FASTA). Nextstrain realiza una alineación de secuencia de los datos de entrada en alineación de secuencia múltiple basada en la transformación rápida de Fourier. Se basa en el uso de dos softwares: Augur y Auspice. Nextstrain es una herramienta eficaz para mostrar datos epidemiológicos de manera simple para un público no especializado. Puede ser usado en la salud pública, ya que muestra datos en tiempo real de las epidemias y su distribución geográfica. Se puede usar para dar seguimiento a los brotes como es el caso del COVID-19(AU)

Worldwide concern about the novel coronavirus (2019-nCoV) as a global threat to public health is the reason for the exponential growth of phylogenetic analyses. The purpose of this review was to describe the mode of operation and advantages of the tool Nextstrain, as well as the sequencing of the SARS-CoV-2 virus worldwide. The interface of the Nextstrain page was used to show its functions and data visualization modes. These were downloaded from the website GISAID to show the number of SARS-CoV-2 sequencing processes performed so far. Nextstrain is an open code project created by bioinformatics biologists to make good use of the scientific and public health potential of data about genomes of pathogens. Nextstrain consists in a set of tools operating with unprocessed sequences (in FASTA format). Nextstrain performs a sequence alignment of the input data into a multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Its use is based on two software applications: Augur and Auspice. Nextstrain is an efficient tool by which lay people may obtain epidemiological data in a simple manner. It may be used in the public health sector, since it shows real time data about epidemics and their geographic distribution. It may also be used to follow-up outbreaks, as is the case with COVID-19(AU)

Molecular characterization of goose parvovirus in geese of Turkey

ABSTRACT: Goose parvovirus (GPV), also called Derzsys disease, is a viral pathogen that causes high morbidity and mortality in goslings and ducklings. In this study, we perform the molecular characterization of the GPV in Turkey. The definition of similarity to the world of GPV isolates in Turkey and construction of a phylogenetic tree was aimed. For this purpose, the presence of GPV in the liver, spleen, and intestine tissues of nine goslings with symptoms such as dysphagia, bilateral ocular swelling, eye discharge, diarrhea, and fatigue were investigated by real-time PCR method and all samples were detected as positive. According to the data obtained by molecular characterization, phylogenetic analysis of GPV has been presented in Turkey. As a result of this study, it was determined that the GPVs available in Turkey are virulent strains.

RESUMO: O parvovírus do ganso (GPV), também chamado de doença de Derzsy, é um patógeno viral que causa alta morbidade e mortalidade em gansos e patinhos. Neste estudo, objetivou-se a determinação da caracterização molecular do GPV na Turquia, a definição da similaridade com o mundo dos isolados de GPV na Turquia e a construção de uma árvore filogenética. Para tanto, a presença de GPV no fígado, baço e tecidos do intestino de nove gansos com sintomas como disfagia, edema ocular bilateral, secreção ocular, diarreia e fadiga foram investigados pelo método de PCR em tempo real e todas as amostras foram detectadas tão positivo. À luz dos dados obtidos por caracterização molecular, a análise filogenética do GPV foi apresentada na Turquia. Como resultado deste estudo, foi determinado que os GPVs disponíveis na Turquia são cepas virulentas.

The effectiveness of protected areas in the Paraná-Paraguay basin in preserving multiple facets of freshwater fish diversity under climate change

Our objective was to evaluate the effectiveness of protected areas (PAs) in the Paraná-Paraguay basin on multiple facets of ichthyofauna, both currently and in future climate change scenarios, based on reaching the 17% of conserved terrestrial and inland water defined by Aichi Target 11. Analyses were carried out vis-à-vis a distribution of 496 native species, modeling for the present and for the future, and in moderate and pessimistic scenarios of greenhouse gases. We calculated species richness, functional richness, and phylogenetic diversity, overlapping the combination of these facets with the PAs. The results indicate that the current PAs of the Paraná-Paraguay basin are not efficient in protecting the richest areas of ichthyofauna in their multiple facets. While there is a larger overlap between PAs and the richest areas in phylogenetic diversity, the values are too low (2.37%). Currently, the overlap between PAs and areas with larger species richness, functional richness, and phylogenetic diversity is only 1.48%. Although this value can increase for future projections, the values of the indices decrease substantially. The relevant aquatic environments, biological communities, and climate change should be considered as part of the systematic planning of PAs that take into consideration the terrestrial environments and their threats.(AU)

Nosso objetivo foi avaliar a efetividade das áreas protegidas da bacia Paraná-Paraguai sobre múltiplas facetas da ictiofauna, atualmente e em cenários futuros de mudanças climáticas baseado em alcançar 17% de áreas protegidas, de acordo com os objetivos de Aichi. Análises foram feitas a partir da distribuição de 496 espécies para o presente e futuro, em diferentes cenários climáticos. Foram calculadas a riqueza de espécies, a riqueza funcional e a diversidade filogenética, sobrepondo a combinação destas facetas com as áreas protegidas. Os resultados indicaram que as áreas protegidas da bacia Paraná-Paraguai não são eficientes em proteger as áreas mais ricas em ictiofauna considerando diversas facetas. A maior sobreposição se dá entre as áreas protegidas e as áreas mais ricas em diversidade filogenética, mas os valores são muito baixos (2,37%). A sobreposição entre as áreas protegidas e os 17% das áreas com maior riqueza de espécies, riqueza funcional e diversidade filogenética é de apenas 1,48%. Para o futuro as projeções indicaram que a sobreposição pode aumentar, mas os valores dos índices caem consideravelmente. Os ambientes aquáticos e as mudanças climáticas são componentes que devem ser considerados no planejamento sistemático de áreas protegidas que consideram essencialmente ambientes terrestres e suas ameaças.(AU)

Molecular characterization of goose parvovirus in geese of Turkey / Caracterização molecular de parvovírus de ganso em gansos da Turquia

Goose parvovirus (GPV), also called Derzsy's disease, is a viral pathogen that causes high morbidity and mortality in goslings and ducklings. In this study, we perform the molecular characterization of the GPV in Turkey. The definition of similarity to the world of GPV isolates in Turkey and construction of a phylogenetic tree was aimed. For this purpose, the presence of GPV in the liver, spleen, and intestine tissues of nine goslings with symptoms such as dysphagia, bilateral ocular swelling, eye discharge, diarrhea, and fatigue were investigated by real-time PCR method and all samples were detected as positive. According to the data obtained by molecular characterization, phylogenetic analysis of GPV has been presented in Turkey. As a result of this study, it was determined that the GPVs available in Turkey are virulent strains.(AU)

O parvovírus do ganso (GPV), também chamado de doença de Derzsy, é um patógeno viral que causa alta morbidade e mortalidade em gansos e patinhos. Neste estudo, objetivou-se a determinação da caracterização molecular do GPV na Turquia, a definição da similaridade com o mundo dos isolados de GPV na Turquia e a construção de uma árvore filogenética. Para tanto, a presença de GPV no fígado, baço e tecidos do intestino de nove gansos com sintomas como disfagia, edema ocular bilateral, secreção ocular, diarreia e fadiga foram investigados pelo método de PCR em tempo real e todas as amostras foram detectadas tão positivo. À luz dos dados obtidos por caracterização molecular, a análise filogenética do GPV foi apresentada na Turquia. Como resultado deste estudo, foi determinado que os GPVs disponíveis na Turquia são cepas virulentas.(AU)

Molecular detection of trypanosomatids in neotropical primates in the state of Mato Grosso, Midwest, Brazil / Detecção molecular de tripanossomatídeos em primatas neotropicais no estado de Mato Grosso, Centro-Oeste, Brasil

Abstract Trypanosomatids are uniflagellate protozoa belonging to the Trypanosomatidae family. The genera Trypanosoma and Leishmania are of paramount importance as they contain species that cause serious diseases, such as Chagas disease and Leishmaniasis, respectively. The objective of the present study was to identify trypanosomatids present in the whole blood of free-living and captive neotropical primates in Mato Grosso State, Midwest Brazil. Between 2017 and 2019, 38 blood samples were collected from seven different neotropical primate species in seven cities in the state. Through molecular techniques, including polymerase chain reaction (PCR) to amplify a fragment of the kinetoplast DNA (kDNA) and 18S ribosomal RNA (18S rRNA) gene, sequencing, and phylogenetic analysis, nine Leishmania spp. [seven L. infantum and two L. (Leishmania) amazonensis] and two Trypanosoma spp. (T. minasense and T. rangeli) were identified. This study contributes to understanding the occurrence and epidemiology of trypanosomatids in Mato Grosso State and the importance of neotropical primates as trypanosome hosts and possible infection sources for other animals and humans. Future identification of other blood pathogens in neotropical primates will assist in disease control and prevention strategies.

Resumo Tripanossomatídeos são protozoários uniflagelados pertencentes à família Trypanosomatidae. Os gêneros Trypanosoma e Leishmania são de suma importância por conterem espécies causadoras de doenças graves, como doença de Chagas e Leishmaniose, respectivamente. O objetivo do presente estudo foi identificar tripanossomatídeos presentes no sangue total de primatas neotropicais de vida livre e cativos no Estado de Mato Grosso, Centro-Oeste do Brasil. Entre 2017 e 2019, foram coletadas 38 amostras de sangue de sete diferentes espécies de primatas neotropicais em sete cidades do Estado. Foram identificados por meio de técnicas moleculares, incluindo reação em cadeia da polimerase (PCR), para amplificar um fragmento do DNA do cinetoplasto (kDNA) e do gene do RNA ribossômico 18S (rRNA 18S), sequenciamento e análise filogenética, nove Leishmania spp. [sete L. infantum e dois L. (Leishmania) amazonensis] e dois Trypanosoma spp. (T. minasense e T. rangeli). Este estudo contribui para o entendimento da ocorrência e epidemiologia dos tripanossomatídeos no Estado de Mato Grosso e a importância dos primatas neotropicais como hospedeiros tripanossômicos e possíveis fontes de infecção para outros animais e humanos. A identificação futura de outros patógenos do sangue em primatas neotropicais ajudará no controle de doenças e em estratégias de prevenção.

Avipoxvirus detected in tumor-like lesions in a white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata) / Avipoxvirus detectado em lesões tipo tumorais em uma marreca-irerê (Dendrocygna viduata)

Avipoxvirus is the etiological agent of the avian pox, a well-known disease of captive and wild birds, and it has been associated with tumor-like lesions in some avian species. A white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata) raised in captivity was referred to a Veterinary Teaching Hospital in Northeast due to cutaneous nodules present in both wings. A few days after the clinical examination, the animal died naturally. Once submitted to necropsy, histopathological evaluation of the lesions revealed clusters of proliferating epithelial cells expanding toward the dermis. Some of these cells had round, well-defined, intracytoplasmic eosinophilic material suggestive of poxvirus inclusion (Bollinger bodies). PCR performed on the DNA extracted from tissue samples amplified a fragment of the 4b core protein gene (fpv167), which was purified and sequenced. This fragment of Avipoxvirus DNA present in these tumor-like lesions showed high genetic homology (100.0%) with other poxviruses detected in different avian species in several countries, but none of them were related to tumor-like lesions or squamous cell carcinoma. This is the first report of Avipoxvirus detected in tumor-like lesions of a white-faced whistling duck with phylogenetic analysis of the virus.(AU)

Avipoxvirus é o agente etiológico da varíola (bouba) aviária, uma doença bem descrita em aves de cativeiro e selvagens, tendo sido associada a lesões semelhantes a tumores em algumas dessas espécies. Uma marreca piadeira (Dendrocygna viduata), criada em cativeiro, foi atendida em um Hospital Veterinário na região nordeste devido à presença de nódulos cutâneos em ambas as asas. Alguns dias após o exame clínico, o animal veio a óbito naturalmente. A ave foi submetida à necropsia e coletados fragmentos das lesões para análise histopatológica, que revelou proliferação de células epiteliais expandindo para a derme. Algumas dessas células possuíam material eosinofílico intracitoplasmático e bem definido, sugestivo de inclusão de poxvírus (corpúsculos de Bollinger). A PCR realizada a partir do DNA extraído de amostras das lesões amplificou um fragmento do gene da proteína do núcleo 4b (fpv 167), que foi purificado e sequenciado. Esse fragmento de DNA de Avipoxvirus presente nas lesões relevou alta homologia genética (100,0%) com outros poxvírus detectados em diferentes espécies de aves em vários países, mas nenhum deles estava relacionado a lesões tumorais ou carcinoma espinocelular. Este é o primeiro relato de Avipoxvirus detectado em lesões semelhantes a tumores em uma marreca piadeira com caracterização molecular do vírus.(AU)

Evaluación de una clave taxonómica, para la identificación de los géneros de helechos (Monilophyta), en Guatemala / Evaluation of a taxonomic key, for the identification of fern genera (Monilophyta), in Guatemala

El desarrollo de las tecnologías de la información y la comunicación han llevado a un cambio en la manera en que se realizan las actividades de diferentes disciplinas, incluso de las más tradicionalistas, como la taxonomía botánica. Se documentó la revisión y validación colaborativa de la primera versión de una clave dicotómica para la identificación taxonómica de los géneros de helechos en Guatemala. Con este esfuerzo, se fundamentó la elaboración de una clave mejorada, su segunda versión, la cual se espera sea accesible para usuarios entrenados en morfología botánica, pero no especializados en la taxonomía específica de los helechos. La segunda versión supera las dificultades que fueron analizadas sobre la primera, y agrega contenido útil para la identificación más precisa de los géneros. Se presentan, además, los siguientes documentos suplementarios en versión electrónica: la versión más actualizada de la clave dicotómica, una lista anotada de la taxonomía supra específica de helechos en Guatemala y una lista de algunos sinónimos taxonómicos de los nombres científicos actuales, respecto a los utilizados en la Flora Mesoamericana. Esta experiencia representa un avance en la transformación de la botánica taxonómica, ya que trasciende de ser una disciplina practicada por pocos, donde prevalece sobre todo el criterio de una autoridad casi incuestionable, a una práctica colaborativa, donde el conocimiento se difunde desde la formulación y revisión de los instrumentos taxonómicos. Se espera que todos estos documentos puedan continuar siendo actualizados de manera dinámica, como un avance de la aplicación de las nuevas tecnologías a la taxonomía botánica.

The procedures of several scientific disciplines are changing with the spreading of new information and communication technologies, even the most traditional, like botanical taxonomy. Here we document the review and validation, by collaborative efforts, on the first version of the taxonomic key for the identification of the fern genera in Guatemala. An upgraded version was composed which is easier to follow and more precise. It is intended to be accessible for a wide range of interested people, more than just the fern specialists. Along with this paper, electronic supplementary documents are published too, including the most recent version of the key, an annotated list of taxonomic categories of ferns of Guatemala in the supra-specific levels, and some lists of taxonomic synonymy of the currently valid names, with reference to the old names used in Flora Mesoamericana. With this experience a new milestone has been reached by the national taxonomy, getting over the old paradigm in which taxonomy was an exclusive practice, endeavored by few authorities, to become a more inclusive discipline, embracing the development and revision of its instruments. In the future, we hope to maintain updated all these documents in a more dynamic way, applying new technologies to the taxonomic botany practices.

A new giant velvet worm from Costa Rica suggests absence of the genus Peripatus (Onychophora: Peripatidae) in Central America

Introduction: Neotropical onychophoran taxonomy and diversity has been poorly investigated. Recent studies have discovered problems in species classification: they have questioned the accepted genera and the actual number of species. This is true in Costa Rica, where several unidentified species have been reported. Objective: The objective of this investigation was to evaluate the occurrence of the accepted genera in this country, and to describe a new genus and species from Central America. Methods: In 2017, we collected one onychophoran in the Keköldi Indigenous Reserve in Talamanca, Limón, Costa Rica. The specimen gave birth to several offspring. Therefore, seven organisms were analyzed. Light microscopy was used to observe the gross morphology in all samples. The detailed morphology was studied in the biggest specimen with scanning electron microscopy; after that, we performed a phylogenetic analysis with the corresponding sequence of COI. Results: According to our results, a new genus and species of giant onychophoran was found. The genus was identified by its giant size, apical piece of seven scale ranks, large conical primary papillae, dorso-median furrow flanked by two-three accessory papillae, the absence of hyaline organs and a marked sexual dimorphism with respect to the number of legs. The new species presents a particular head pattern, as well as novel structures like cephalic papillae, accessory papillae with rudimentary apical pieces, and a lack of antennal chemoreceptors. Phylogenetic analysis rendered our genus as monophyletic and includes Peripatus solorzanoi, which is grouped within the Central American clade.As our species is clustered inside the Costa Rica-Panamanian group, it is not related to the Caribbean Island nor Guyanan Shield samples, home of Epiperipatus and Peripatus respectively. Therefore, we suggest that those genera do not occur in Central America, and a new genus exists: Mongeperipatus, gen. nov. Conclusion: We concluded that Costa Rica is home to a diversity of undescribed onychophorans that requires specific studies to help clarify the taxonomy and evolutionary relationships of the group to justify their protection.

Introducción: Los onicóforos del neotrópico han sido poco estudiados, especialmente en cuanto a taxonomía y diversidad. Sin embargo, estudios recientes sugieren que los géneros actuales son obsoletos y el número de especies existentes es desconocido. Por ejemplo, en Costa Rica, se han reportado diversos onicóforos que no han sido identificados exitosamente. Objetivo: El objetivo de este trabajo fue evaluar la presencia de los géneros aceptados en el país, y describir un nuevo género y especie para Centroamérica. Métodos: En el 2017, recolectamos un espécimen de onicóforo en la reserva indígena de Keköldi en Talamanca, Limón, Costa Rica, el cual dio a luz a varias crías. Incluyendo a este animal, estudiamos un total de siete especímenes. Mediante el uso de microscopía de luz, observamos las características morfológicas macroscópicas en todas las muestras. Asimismo, utilizamos la microscopía electrónica para analizar detalladamente la morfología en una de estas. Finalmente, realizamos un análisis filogenético con la secuencia correspondiente de COI. Resultados: Un nuevo onicóforo gigante fue descrito. Se propuso un nuevo género, el cual se distingue por su tamaño gigante, el número de filas de escamas en la pieza apical de las papilas primarias, sus grandes papilas primarias cónicas, la línea media flanqueada por dos-tres papilas accesorias, la ausencia de órganos hialinos y el dimorfismo sexual marcado respecto al número de patas. Esta especie presenta un patrón particular de papilas en su cabeza, además de estructuras nuevas como papilas modificadas en la cabeza (papilas cefálicas), papilas accesorias con piezas apicales rudimentarias y la ausencia de quimiorreceptores en las antenas. Los análisis filogenéticos lo sitúan como un género monofilético que incluye a Peripatus solorzanoi, tal clado se encuentra dentro del grupo de especies centroamericanas. Por lo tanto, la nueva especie se agrupa dentro de las muestras pertenecientes a Costa Rica-Panamá. Este grupo no se relaciona con los especímenes de las islas caribeñas ni del Escudo Guyanés, hogares de las especies tipo de Epiperipatus y Peripatus respectivamente. De modo que sugerimos que estos géneros no están presentes en Centroamérica. Así entonces, describimos el nuevo género Mongeperipatus para Costa Rica. Conclusión: Este país alberga una diversidad de onicóforos sin describir, que se requieren estudios puntuales que ayuden a aclarar la taxonomía y relaciones evolutivas del grupo para justificar la protección del filo.

Using community phylogenetics to assess phylogenetic structure in the Fitzcarrald region of Western Amazonia

Here we explore the use of community phylogenetics as a tool to document patterns of biodiversity in the Fitzcarrald region, a remote area in Southwestern Amazonia. For these analyses, we subdivide the region into basin-wide assemblages encompassing the headwaters of four Amazonian tributaries (Urubamba, Yuruá, Purús and Las Piedras basins), and habitat types: river channels, terra firme (non-floodplain) streams, and floodplain lakes. We present a robust, well-documented collection of fishes from the region including 272 species collected from 132 field sites over 63 field days and four years, comprising the most extensive collection of fishes from this region to date. We conduct a preliminary community phylogenetic analysis based on this collection and recover results largely statistically indistinguishable from the random expectation, with only a few instances of phylogenetic structure. Based on these results, and of those published in other recent biogeographic studies, we conclude that the Fitzcarrald fish species pool accumulated over a period of several million years, plausibly as a result of dispersal from the larger species pool of Greater Amazonia.(AU)

Aquí exploramos el uso de la filogenética de comunidades como herramienta para documentar patrones de biodiversidad en la región de Fitzcarrald, un área remota en el suroeste de la Amazonía. Para estos análisis subdividimos la región en grupos de toda la cuenca que abarcan las cabeceras de cuatro tributarios del Amazonas (cuencas Urubamba, Yuruá, Purús y Las Piedras) y en los tipos de hábitat: canales fluviales, arroyos de tierra firme (sin planicie aluvial) y lagos de planicie aluvial. Presentamos una colección de peces robusta y bien documentada que incluye 272 especies, colectadas a lo largo de cuatro años y 63 días de campo, en 132 puntos de monitoreo. Convirtiéndose en la colección más extensa de peces de esta región hasta la fecha. Realizamos un análisis filogenético preliminar de la comunidad basado en esta recopilación y recuperamos resultados en gran medida estadísticamente indistinguibles de la expectativa aleatoria, con sólo unos pocos casos de estructura filogenética. Basándonos en estos resultados y los publicados en otros estudios biogeográficos recientes, concluimos que el grupo de especies de peces de Fitzcarrald acumulado durante un período de varios millones de años, se debe posiblemente al resultado de la dispersión del mayor grupo de especies de la Gran Amazonia.(AU)

Angiostrongylus minasensis n. sp.: new species found parasitizing coatis (Nasua nasua) in an urban protected area in Brazil / Angiostrongylus minasensis n. sp.: nova espécie encontrada parasitando quatis (Nasua nasua) em área de proteção urbana no Brasil

Abstract Currently, there are 21 species of Angiostrongylus that parasitize the pulmonary or mesenteric arteries of wild and domestic rodents, felids, canids and human. Species of Angiostrongylus have cosmopolitan distribution covering tropical, subtropical and temperate regions. The procyonid Nasua nasua (coati) is a reservoir host for a wide variety of parasites that may be harmful to its populations or may contain etiological agents with zoonotic potential. In urban areas, coatis are usually found in close association with humans and domestic animals. We morphologically and molecularly characterized a new species of Angiostrongylus found in N. nasua in a protected area within Belo Horizonte, Brazil. The new species of Angiostrongylus differs from other species of the same genus in terms of the length and bifurcation level of the lateral and ventral rays, the length of spicules and female tail morphology. Molecular phylogenetic results based on the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 gene suggest that the newly identified species belongs to a genetic lineage that is separate from other species of Angiostrongylus. This new species was collected from the mesenteric arteries of N. nasua. It was named Angiostrongylus minasensis n. sp..

Resumo Existem 21 espécies de Angiostrongylus que parasitam as artérias pulmonares ou mesentéricas de roedores silvestres e domésticos, felídeos, canídeos e homem. Espécies de Angiostrongylus têm uma distribuição cosmopolita que abrange regiões tropicais, subtropicais e temperadas. O procionídeo Nasua nasua (quati) é hospedeiro de vários parasitos que podem ser prejudiciais para suas populações ou conter agentes etiológicos com potencial zoonótico. Nas áreas urbanas, os quatis podem ser encontrados em estreita associação com seres humanos e animais domésticos. Nós caracterizamos morfológica e molecularmente uma nova espécie de Angiostrongylus encontrada em N. nasua de uma área protegida na cidade de Belo Horizonte, Brasil. A nova espécie de Angiostrongylus difere de outras espécies do mesmo gênero pelo comprimento e nível de bifurcação dos raios lateral e ventral, o comprimento dos espículos e a morfologia da cauda da fêmea. Resultados moleculares e filogenéticos baseados no gene mitocondrial citocromo c oxidase subunidade 1 indicam que a espécie recém-identificada pertence a uma linhagem genética separada de outras espécies de Angiostrongylus. O presente relato descreve uma nova espécie de Angistrongylus coletada das artérias mesentéricas de N. nasua, denominada Angiostrongylus minasensis n. sp..

Elevation does not strongly influence interspecific variation in body size of small Tropical endotherms

Introduction: Body size is an essential trait for endotherms to face the physiological requirements of cold, so there is a tendency to large body size at high altitudes and latitudes, known as Bergmann's rule. However, the validity of this ecomorphological rule to small-bodied endotherms across altitudinal gradients is poorly known. Objective: To understand the effects of environmental variation on body size, we assessed whether interspecific variation in body size of small tropical endotherms follows Bergmann's rule along tropical altitudinal gradients. Methods: We compiled data on elevational ranges and body masses for 133 species of hummingbirds of Colombia. We then assessed the association between body mass and mid-point of the altitudinal distribution using phylogenetic generalized least squares (PGLS) analyses under different evolutionary models. Results: We found a decelerating rate of evolution for body size since the Early Burst model of evolution provided a better fit to body mass data. For elevational range, we found a slow and constant rate since Pagel's lambda model provided a better fit to the mid-point of the altitudinal distribution data. Besides, phylogenetic regression analysis indicated that body mass and the altitudinal range of hummingbirds are associated through the phylogeny, with a positive but slight association (R2= 0.036). Conclusions: We found that body mass and altitude of hummingbirds are positively related, which is in agreement with expectations under Bergmann's rule. However, this association was weaker than expected for small and non-passerine birds like hummingbirds. Thus, our results suggest that environmental changes across altitudinal gradients do not strongly influence body mass in small tropical endotherms as hummingbirds.

Introducción: El tamaño corporal es un rasgo importante para determinar la respuesta de los endotermos a los requerimientos que exigen las zonas frías, por lo cual se espera una tendencia hacia el incremento del tamaño corporal al aumentar la altitud y la latitud. Sin embargo, se conoce poco acerca de la validez de esta regla ecomorfológica, conocida como la regla de Bergmann, para endotermos pequeños en gradientes altitudinales tropicales. Objetivo: Con el fin de entender los efectos de la variación ambiental sobre el tamaño corporal, se evaluó sí la variación interespecífica en la masa corporal de endotermos tropicales pequeños se ajusta a la regla de Bergmann a lo largo de gradientes de elevación. Métodos: Se compilaron datos sobre los rangos de distribución altitudinal y los tamaños corporales de 133 especies de colibríes en Colombia. Posteriormente, se evaluó la asociación entre la masa corporal y el punto medio de distribución altitudinal de los colibríes mediante análisis de mínimos cuadrados generalizados filogenéticos (PGLS) bajo diferentes modelos evolutivos. Resultados: La evolución de la masa corporal se ajustó mejor a un modelo de evolución Early Burst, mientras que el rango de elevación al modelo evolutivo lambda de Pagel; lo que indica que la tasa de evolución es desacelerada para el tamaño del cuerpo, mientras es lenta y constante para el rango de elevación. Además, el análisis de regresión filogenética indica que la masa corporal y el rango de elevación están positiva y ligeramente asociados (R2 = 0.036). Conclusiones: De acuerdo con lo esperado por la regla de Bergmann, los resultados indican que los colibríes tienden a ser más grandes a mayores altitudes. Sin embargo, esta asociación es más débil de lo esperado para aves no paseriformes de tamaño pequeño como los colibríes.Por lo tanto, los resultados sugieren que las variaciones ambientales a lo largo de gradientes de elevación no tienen una influencia fuerte sobre el tamaño corporal de endotermos pequeños como los colibríes.

Historical biogeography of fishes from coastal basins of Maranhão State, northeastern Brazil

The Amazonian ichthyofauna is one of the most diverse in the world, yet fishes from the adjacent coastal basins of Maranhão State in Northeastern Brazil remain poorly known. We use phylogeographic, community phylogenetic and phylogenetic beta diversity methods to study the biogeographic history of fishes from the coastal basins of Maranhão State. We report a total of 160 fish species from the basins of the Maranhão region, representing a 93% increase over results of previous studies. All the fish species assemblages from Maranhão are polyphyletic, with only a few putative sister species pairs inhabiting the region. The modern watershed divides among Maranhão basins do not form substantial barriers to dispersal for freshwater fish species, and are more effectively modelled as biogeographic islands than as biogeographic provinces. In combination these results suggest that the Maranhão ichthyofauna was assembled under the influence of several macroevolutionary (extinction, dispersal) and landscape evolution processes, during the Miocene and Pliocene, as well as by the modern ecological characteristics of the region. The results indicate that the distinctive geological and climatic conditions and history of Northeastern Brazil strongly constrained the formation of aquatic faunas in coastal basins of Maranhão State.(AU)

A ictiofauna da Amazônia é uma das mais diversificadas do mundo, mas os peixes das bacias costeiras adjacentes do estado do Maranhão, no Nordeste do Brasil, ainda são pouco conhecidos. Utilizamos métodos filogeográficos, filogenia de comunidade e de diversidade beta filogenética para estudar a história biogeográfica de peixes das bacias costeiras do estado do Maranhão. Nós relatamos um total de 160 espécies de peixes das bacias da região do Maranhão, representando um aumento de 93% sobre os resultados de estudos anteriores. Todas as assembleias de espécies de peixes do Maranhão são polifiléticas, com apenas alguns supostos pares de espécies irmãs habitando a região. As divisões modernas das bacias hidrográficas do Maranhão não formam barreiras substanciais para a dispersão de espécies de peixes de água doce, e são mais efetivamente modeladas como ilhas biogeográficas do que como províncias biogeográficas. Em conjunto, esses resultados sugerem que a ictiofauna maranhense foi montada sob a influência de vários processos de evolução macroevolutiva (extinção, dispersão) e paisagística, durante o Mioceno e Plioceno, bem como pelas características ecológicas modernas da região. Os resultados indicam que as distintas condições geológicas e climáticas e a história do Nordeste do Brasil restringiram fortemente a formação de faunas aquáticas em bacias costeiras do estado do Maranhão.(AU)

Aplicación de índices filogenéticos para la definición de prioridades de conservación en los páramos del noroeste de los Andes / Application of phylogenetic indices in the definition of conservation priorities in the northwest Andes paramos

Resumen Los páramos son ecosistemas andinos de alta montaña, que albergan una biota diversa y de alta endemicidad, producto de las condiciones ambientales extremas. Se utilizaron diferentes índices para definir prioridades de conservación en las áreas de páramo del departamento de Antioquia, Colombia; con base en medidas de la individualidad evolutiva y complementariedad de biotas. Para realizar los análisis se generó una base de datos que incluyó 416 táxones de angiospermas y 1 951 localidades, para un total de 12 897 registros de distribución, compilados a partir de los muestreos y revisiones realizados en este proyecto; adicionalmente se incluyó la información disponible en Global Biodiversity Information Facility y en el Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia. A partir de estos datos se identificaron áreas de prioridad para la conservación de los páramos de Antioquia, de acuerdo con medidas de la individualidad evolutiva basadas en nodos y complementariedad de biotas. Teniendo en cuenta solamente los índices de individualidad evolutiva, el páramo prioritario para la conservación fue Frontino-Urrao, seguido de Farallones de Citará; pero si se considera la complementariedad de biotas, la segunda área prioritaria para la conservación es Sonsón. Las clasificaciones de prioridad de áreas basadas en individualidad son congruentes con las áreas de mayor riqueza de especies. Es necesario y urgente preservar el ecosistema páramo dado su vulnerabilidad y la subsecuente perdida de los servicios ecosistémicos que brindan, si se ven expuestos a la degradación o desaparición.(AU)

Abstract Páramos are High Andean ecosystems that harbor a diverse biota and have high endemicity, because of their extreme environmental conditions. We used different phylogenetic indices to define conservation priorities in the paramos of the department of Antioquia, Colombia, based on measures of their evolutionary individuality and richness complimentary. To perform the analyses, we generated a database including 416 angiosperm taxa and 1 951 localities for a total of 12 897 distributional records compiled from surveys and reviews. Additionally, the available information in the Global Biodiversity Information Facility and the Colombian Biodiversity Information System were included. From these data, priority areas for the conservation of the paramos located in the state of Antioquia were identified, using measures of evolutionary individuality based on nodes and biotic complementarity. Taking into account only the individual phylogenetic indices, the most important paramo for conservation was Frontino-Urrao, followed by Farallones de Citará. If biotic complementarity is considered, the second most important paramo is Sonsón. Priority classifications of areas based on individuality are congruent with areas of greatest species richness. We conclude that it is necessary and urgent to preserve the paramos given their vulnerability and the subsequent loss of the ecosystem services that they provide, if they are exposed to degradation or disappearance.(AU)

Genetic diversity and molecular survey of Trypanosoma (Megatrypanum ) theileri in cattle in Brazil's western Amazon region / Diversidade genética e levantamento molecular de Trypanosoma (Megatrypanum) theileri em bovinos na região da Amazônia Ocidental do Brasil

Abstract Trypanosoma (Megatrypanum) theileri is a flagellated protozoan that infects ruminants and it displays high genetic diversity. In this study, we investigated the prevalence rates of this protozoan based on hemoculture and molecular diagnosis. The isolates of T. theileri thus obtained were characterized by molecular markers SSU rDNA and gGAPDH and molecular diagnosis based on Cathepsin L-like gene (PCR-TthCATL). The PCR-TthCATL and hemoculture indicated an overall prevalence rate of 8.13%, and the CATL derived sequence named IB was identified for the first time in cattle in the western Amazon region, as well as IF in Brazil. We also describe a possible new PCR-TthCATL derived sequence in cattle, designated IL.

Resumo Trypanosoma (Megatrypanum) theileri é um protozoário flagelado que infecta ruminantes e apresenta alta diversidade genética. Neste estudo, investigamos as taxas de prevalência deste protozoário com base na hemocultura e no diagnóstico molecular. Os isolados de T . theileri obtidos foram caracterizados pelos marcadores moleculares SSU rDNA e gGAPDH e o diagnóstico molecular foi baseado no gene do tipo Catepsina L (PCR-TthCATL). O PCR-TthCATL e a hemocultura indicaram uma taxa de prevalência total de 8,13% e a sequência derivada do gene Catepsina L denominada IB de T. theileri foi identificada pela primeira vez em bovinos da Amazônia Ocidental, bem como a IF no Brasil. Também descrevemos uma possível nova sequência derivada da PCR-TthCATL em bovinos, designada IL.